1、人秘科：
　　协助局领导对卫生工作有关政策进行综合调研；协调督促局机关政务，负责档案保密工作；负责全市卫生工作目标管理工作；负责行政执法综合协调和行政复议工作；研究拟订全市医疗卫生人才需求计划，指导全市医疗卫生单位人事制度改革、人员调配、劳动工资、机构编制的管理或审核工作；负责全市卫生专业技术人员职称评聘、考试报名工作；负责局机关及所属单位年度考核、奖惩、培训工作。
　　2、党办：
　　协助局党委加强对全市医疗卫生单位领导班子监督和考核工作；负责市直卫生系统精神文明建设、宣传思想、组织工作和行业作风建设工作；负责开展政工系列职称评定工作；负责卫生系统纪检、信访、社会治安综合治理、老干部工作。
　　3、计财科：
　　研究制定全市卫生事业发展规划，统筹规划与协调全市卫生资源优化配置，指导和监督卫生规划的制定和实施；负责市直单位的事业经费分配和全市医疗卫生单位的财务管理、分配制度改革工作；会同有关部门制定和调整医疗卫生收费标准；负责指导监督全市卫生单位基本建设、装备、国有资产管理。
　　4、医政科：
　　负责全市各级各类医疗机构的规划、设置、登记和注册工作；制定全市医疗、护理业务工作的地方性规定、规范性文件、服务标准等；监管医疗机构、中医机构、急救中心 、采供血机构、卫生职工中等专业学校的业务工作和医疗服务市场秩序；负责医疗、护理专业技术人员准入并监管其执业行为；受理医疗争议、医疗事故的调解及委托；负责科教、医学会、卫协会；负责突发公共卫生事件的医疗救治工作；协调、配合有关部门做好社会性医疗服务和药事管理工作。
　　5、防疫科：
　　负责对全市食品、公共场所、生活饮用水、化妆品等生产经营企业单位进行检查、验收、审批、发放许可证，依法进行监督、监测和管理；拟订传染病和慢性病防治规划和措施，对传染病进行监督、监测和管理；对突发公共卫生事件、食物中毒实施紧急处理；负责全市妇幼保健工作。
　　6、中医科
　　负责全市中医事业发展及全国有中医要特色社区卫生服务示范区和全国农村推广中医药适宜技术示范市成果的巩固和建设工作。
　　7、合作医疗办：
　　（1）执行合作医疗管理委员会的决议、决定，具体负责合作医疗实施过程中的具体业务管理工作；
　　（2）审定合作医疗定点医疗卫生机构；
　　（3）严格执行合作医疗基金管理办法和基金财务核算制度，按照规定筹集、管理和使用合作医疗基金；
　　（4）审批医疗转诊，审核医药费用单据，核实补偿金额，汇总基金支付费用，交财政部门复审转帐。
　　（5）监督检查医疗卫生机构服务的行为和执行合作医疗管理规章制度的情况，包括医疗行为、服务质量、医疗收费、药品价格、报销程序、补偿兑现等，及时纠正违规行为；
　　（6）及时向社会公布合作医疗基金的具体收支情况和使用情况，主动接受参保农民的监督；
　　（7）按照规定及时准确的完成合作医疗各种统计报表的统计、填写和上报工作。
　　8、爱卫会办公室
　　负责爱国卫生运动工作。
　　9、招商办公室：
　　负责市直卫生系统招商引资工作，指导、督查基层单位招商引资情况，全面完成市里下达的招商引资任务指标。